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Produktübersicht
Oxford Nanopore stellt Software und Werkzeuge zur Analyse von Nanopore-Sequenzierungsdaten bereit und kombiniert die vorgefertigten Workflows von EPI2ME mit der MinKNOW-Betriebsumgebung. Die Lösungen unterstützen Echtzeitanalysen und den Einsatz auf Laptops, Workstations, Clustern, Cloud-Umgebungen und Oxford Nanopore-Geräten für Forschungs- und klinische Labore.

Vorgefertigte Analyse-Workflows mit EPI2ME

• Zugänglich über eine intuitive Desktop-Anwendung oder eine Kommandozeilenschnittstelle
• Vorgefertigte Workflows für verschiedene Sequenzierungsanwendungen
• Analysen ausführbar auf Laptop, Cluster, Cloud oder ONT-Geräten
• Ergebnisse während der Sequenzierung durch Echtzeit-Workflows verfügbar
• Erstellung und Austausch benutzerdefinierter Workflows über die EPI2ME-Anwendung

Für Wissenschaftler

• Benutzerorientierte Oberflächen für routinemäßige Datenprüfung
• Strukturierte Berichte für schnelle Ergebnisinterpretation
• Viele Workflows nutzbar ohne spezielle Bioinformatik-Kenntnisse
• Eigentum an Daten bleibt vom Probenentnahme bis zum Ergebnis erhalten

Für Bioinformatiker

• Zugriff auf Basecaller und Analysewerkzeuge über die GitHub-Repositories von Oxford Nanopore
• EPI2ME-Workflowdefinitionen auf GitHub verfügbar oder Integration eigenen Codes möglich
• Kommandozeilenunterstützung für erweiterte und automatisierte Integrationen

MinKNOW

• Betriebssoftware für Oxford Nanopore-Sequenzierungsgeräte
• Verwaltet Rohdatenakquise und Basecalling
• Beinhaltet integrierte Methylierungsdetektion, sofern anwendbar
• Unterstützt in silico zielgerichtetes Sequencing mittels adaptive sampling
• Stellt eine API zur Verbindung mit Upstream- und Downstream-Tools bereit

Datensätze und kompatible Lösungen

• Offene Datensätze werden zur Unterstützung der Methodenentwicklung und Benchmarking bereitgestellt
• Oxford Nanopore arbeitet mit tertiären Analysepartnern für End-to-End-Interpretationslösungen zusammen
• Online-Schulungen und Masterclasses stehen zur Unterstützung der Nutzer zur Verfügung

Technische Spezifikationen

• EPI2ME: vorgefertigte, Echtzeit-Workflows; Desktop-Anwendung und Kommandozeilenschnittstellen
• Einsatz: unterstützt Laptop, Workstation, Cluster, Cloud und ONT-Geräte
• Echtzeitanalyse: Zugriff auf Zwischen- und Endergebnisse während der Sequenzierung
• Anpassung: Erstellen, Exportieren und Teilen benutzerdefinierter Workflows über EPI2ME
• MinKNOW: Datenerfassung, Basecalling, Methylierungsdetektion, adaptive sampling, MinKNOW-API für Integrationen
• Werkzeuge und Basecaller: gepflegt und über Oxford Nanopore-Repositories für fortgeschrittene Anwender verfügbar
• Zielgruppen: Laborwissenschaftler (viele Workflows ohne tiefere Bioinformatik) und Bioinformatiker (Kommandozeilen- und Integrationsunterstützung)