Software zur Sequenzierung MinKNOW

zur NGS-Sequenzierungfür GenomforschungDatenverwaltung

Übersicht
MinKNOW ist die Steuerungs- und Erfassungssoftware für Geräte von Oxford Nanopore. Sie verwaltet Geräteverbindung und -steuerung, Datenerfassung, Live- und Post-Run-Basecalling, Echtzeitanalyse, Flow-Cell- und Hardware-Checks, Run-Konfiguration und Berichtswesen. Dokumenten-ID: MKE_1013_v1_revDN_29Apr2026.

Unterstützte Geräte und Umfang

• MinION Mk1B, MinION Mk1D
• MinION Mk1C
• Flongle-Adapter und Flongle Flow Cells
• GridION
• PromethION 24 / 48
• PromethION 2 Solo (P2 Solo) und PromethION P2i

Wesentliche Funktionen

• Gerätesteuerung und Verbindungsmanager für lokalen oder entfernten Zugriff
• Hardware-Checks via Configuration Test Cell (CTC) und Bewertung aktiver Poren
• Start, Pause, Stop und Überwachung von Sequenzierungsexperimenten
• Live-Basecalling (Fast / HAC / SUP) und optionales Post-Run-Basecalling
• Barcoding (einfach/dual), Barcode-Trimmung und Zuweisung
• Ausrichtung während des Laufs mit FASTA/.mmi-Referenzen und optionalen BED-Intervallen
• Adaptive Sampling (Anreicherung/Depletion) mit Barcode-Balance-Workflows
• Datenoutput: FASTQ (gzip), BAM, POD5 mit konfigurierbarer Aufteilung und Kompression
• Run-Vorlagen, Sample-Sheet (CSV) Upload und Multi-Flow-Cell-Unterstützung
• Run-Ziele und Stoppregeln (Zeit, geschätzte/gelesene Basen, Coverage)
• Exportierbare Run-Berichte und Pore-Activity-CSV

Schnellstart und Hauptabschnitte

• Gerätespezifische Schnellstartanleitungen (MinION, GridION, PromethION, Flongle)
• Computeranforderungen und Installation unter Windows, macOS, Linux
• Update-Verfahren und Connection-Manager-Workflow
• Homepage, Sequencing-Übersicht, Hardware- und Flow-Cell-Checks
• Start und Überwachung von Runs, Pausierung und Wiederherstellung von Experimenten
• Post-Run-Analyse: Basecalling, Barcoding, Alignment und Reporting

Ausgabe- und Dateiformat-Highlights

• Basecalled-Formate: FASTQ (gzip optional) und BAM (Crypt4GH-Unterstützung)
• Rohsignal: POD5 empfohlen (ältere FAST5-Unterstützung veraltet)
• Basecaller-Modelle: Fast, HAC (Standard), SUP (höchste Genauigkeit)
• Erweiterte Steuerungen: Reads-per-file, zeitbasierte Aufteilung, Barcode-getrennte Dateien und Kompression

Computer- und Installationshinweise

• Verteilung: ZIP für Windows, Paket für macOS, apt-Repo/Paket für Ubuntu Linux
• Daten sollten auf SSD gespeichert werden; Ausgabeort konfigurierbar
• Proxy- und erweiterte Netzwerkeinstellungen über user_conf konfigurierbar

Tutorials, Hilfe und Fehlerbehebung

• In-App-Tutorials beim ersten Start (zurücksetzbar)
• Hilfemenü: Support-Links, Log-Export (TGZ) und Troubleshooting-Anleitungen
• OS-spezifische Logs und Exportverfahren

Sicherheit und Geräteeinstellungen

• Gerätesicherheit: standardmäßig aktivierte Firewall, Fernzugriffssteuerung, SSH ein/aus
• Empfehlung: Fernzugriff in unsicheren Netzwerken einschränken und lokale Datenschutzvorgaben beachten

Eigenschaften / technische Spezifikationen

• Produkttyp: Steuerungs- und Erfassungssoftware für Sequenzierung
• Hersteller / Marke: Oxford Nanopore Technologies
• Dokumentversion: MKE_1013_v1_revDN_29Apr2026
• Unterstützte Geräte: MinION Mk1B/Mk1D/Mk1C, GridION, PromethION 24/48, PromethION 2 Solo, Flongle
• Basecalling-Engines: Dorado server / Fast, HAC, SUP
• Rohdatenformate: POD5 (Standard bei Aktivierung); FAST5 veraltet
• Basecalled-Ausgaben: FASTQ (gzip) und BAM
• Adaptive Sampling: enrich/deplete mit optionalem on-target Basecalling
• Sample sheet: CSV-Unterstützung für Multi-Flow-Cell-Experimente
• Stoppregeln: Zeit, geschätzte/gelesene Basen, Coverage, Barcode-Coverage, Leseanzahl
• Installationsplattformen: Windows, macOS, Linux (Ubuntu 20/22/24)