Molekularbiologie-Software virSEAK

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virSEAK (RUO - research use only) bietet einen schnellen und bequemen Vergleich Ihrer SARS-CoV-2-Sequenz mit den verfügbaren Sequenzen. Nach einer personalisierten Einrichtung mit Ihrem Kit laden Sie einfach Fastq- oder Fasta-Daten und erhalten eine alignierte Sequenz mit Varianten. Zusätzlich wird Ihre Sequenz einem Schuppentierstamm (z.B. B.1.1.7) und einer GISAID-Klade (z.B. L) zugeordnet. virSEAK prüft auch automatisch, ob Ihre Sequenz die Spike-Protein-Varianten N501Y und oder E484K enthält. Die Werte für Abdeckung und Qualität werden angezeigt, einschließlich: erforderliche, absolute, durchschnittliche und mittlere Abdeckung, % der "Wildtyp"- und "N"-Basen. Ein Qualitätsindikator zeigt an, ob die Qualität den festgelegten Qualitätsschwellenwerten entspricht. Außerdem ist das Tool für die NGS-Sequenzierung mit hohem Durchsatz optimiert, mit automatischen Import- und Exportfunktionen und anpassbarem Sequenztransfer. Sie können problemlos Multi-Fasta-Dateien erstellen, um die Meldung an eine zentrale Meldestelle zur Überwachung der epidemiologischen Situation und der Verbreitung von Mutationen zu verbessern (z. B. für Deutschland das Robert Koch-Institut). virSEAK - installierbare Version: einfacher Import von rohen fastq oder vorverarbeiteten fasta Sequenzierdateien hochdurchsatz-NGS-Sequenzierung mit automatischem Batch-Import und -Export automatische Warnung, wenn die Mutation(en) N501Y und/oder E484K enthalten sind zuordnung zu einem Schuppentierstamm und einer GISAID-Klade überprüfung auf andere Varianten mit Häufigkeiten vergleich von Subtypen, Anzahl und Lage der Befunde, ... sequenz und Varianten exportieren (mit Metainformationen, im Fasta- und/oder Csv-Format) ergebnisse werden gespeichert vollautomatische Hochdurchsatz-Sequenzierung mit anpassbarem Sequenztransfer