Magnetkugeln-Reagenzkit SMARTer®

zur RNS-Sequenzierung in EinzelzelleProtein

SMARTer Target RNA Capture for Illumina ist ein komplettes System, das für die Generierung von cDNA aus angereicherter Gesamt-RNA konzipiert ist. Mit Targeted RNA-seq können mehrere Herausforderungen überwunden werden, die mit RNA-seq-Experimenten mit ganzer Transkriptom-Amplifikation (WTA) verbunden sind, indem die Sequenzabdeckung und die Sensitivität der Erkennung von interessierenden Transkripten, die in geringen Mengen vorhanden sein können, verbessert werden. Gezielte RNA-seq-Ansätze haben auch den Vorteil, Kosten zu sparen und die Analyse zu vereinfachen. Die Anreicherung der interessierenden Transkripte vor der cDNA-Synthese ermöglicht die Erfassung von Informationen über Transkripte, die andernfalls übersehen werden könnten oder für deren Erkennung eine viel größere Anzahl von Sequenzierungs-Reads erforderlich wäre, einschließlich chimärer Genfusionen, Transkript-Isoformen und Spleißvarianten. Durch die Erhöhung der Empfindlichkeit wird auch die Leistungsfähigkeit der Analyse verbessert, was sich in einer Verringerung des Signal-Rausch-Verhältnisses zeigt. SMARTer Target RNA Capture for Illumina wird verwendet, um cDNA aus angereicherten RNA-Transkripten zu generieren. Vom Benutzer entworfene zielspezifische biotinylierte DNA-Sonden werden an die interessierenden Transkripte hybridisiert und die resultierenden RNA-DNA-Hybride werden mit Capture Beads eingefangen. Dieses Kit nutzt die Sensitivität des SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing, um qualitativ hochwertige cDNA in voller Länge aus diesen angereicherten Transkripten zu generieren. Das Kit wurde mit 10 ng Gesamt-RNA getestet und es hat sich gezeigt, dass es die cDNA-Synthese von angereicherten Transkripten aus nur 100 pg gereinigter Gesamt-RNA durchführen kann. Die mit diesem Kit erzeugten cDNA-Bibliotheken wurden auf Kompatibilität mit Illumina-Sequenzierplattformen getestet. Diese Methode erfordert keine zusätzlichen Methoden oder Kits zur Entfernung von rRNA.