Testkit für Krebserkrankungen AVENIO CGP V2

für die medizinische Forschungfür Krebserkrankungenfür Forschungszwecke

Übersicht
Das AVENIO Tumor Tissue CGP Kit V2 enthält Reagenzien zur Isolation von DNA aus FFPE-Gewebe, zur Vorbereitung von Sequenzierbibliotheken und zur Anreicherung ausgewählter Regionen mit dem AVENIO Tumor Tissue CGP Panel V2. Das Kit umfasst cloud-basierte sekundäre Datenanalysen (FoundationOne® Analysis Platform) und Datenmanagement-Software (AVENIO Connect). Es verwendet einen Hybrid-Capture-DNA-Workflow für umfassendes genomisches Profiling von FFPE-Festgewebe-Tumoren und ermöglicht die Erkennung mehrerer Klassen genomischer Alterationen sowie komplexer genomischer Signaturen.

Anwendung
Inhouse-NGS-Test nur für Forschungszwecke (RUO) für umfassendes genomisches Profiling solider Tumoren unter Verwendung von aus FFPE-Gewebe gewonnenem DNA. Entwickelt, um genomische Erkenntnisse zu Single-Nucleotide-Varianten (SNVs), Insertionen und Deletionen (InDels), Copy-Number-Alterationen (CNAs), Rearrangements sowie komplexen Signaturen wie Tumor Mutational Burden (TMB), Microsatellite Instability (MSI), genomischem Loss of Heterozygosity (gLOH) und Homologous Recombination Deficiency signature (HRDsig) zu liefern.

Vorteile auf einen Blick

• Expertise nutzen: Basierend auf Foundation Medicine-Technologie und Roche-Expertise für ein umfassendes genomisches Profiling mit umfangreicher klinischer und Forschungs­erfahrung.
• Umfassende genomische Abdeckung: Analysiert 335 relevante Gene und mehrere Alterationsklassen sowie komplexe Signaturen (TMB, MSI, gLOH, HRDsig).
• Schneller, praktischer NGS-Workflow: Ein Workflow von der DNA-Extraktion bis zur Datenanalyse; 2-tägige Bibliotheksvorbereitung, kurze Ligation-Schritte und bis zu ~5 Tage Durchlaufzeit von der DNA-Extraktion bis zu den Ergebnissen.

Analytische Leistung
Klassifikation - Erkannte Varianten/Signaturen
Short Variants - 99,7%
Rearrangements - 89,9%
CNA - 99,6%
MSI high - 100%
TMB high - 100%
gLOH high - 100%
HRDsig positive - 91,7%

Bestellinformationen / Kit-Varianten

• Materialnummer 10240814001 — AVENIO Tumor Tissue CGP Kit A V2 — Platte A: 24 Reaktionen — EAN: 07613336230862
• Materialnummer 10240822001 — AVENIO Tumor Tissue CGP Kit B V2 — Platte B: 24 Reaktionen — EAN: 07613336230879
• Jedes Kit enthält Reagenzien zur Verarbeitung von bis zu 24 Reaktionen, aufgeteilt in zwei bis drei Sequenzierläufe mit bis zu 8–12 Bibliotheken auf einem Illumina NextSeq 500/550 oder NextSeq 550 Dx im RUO-Modus.

Regulatorischer Hinweis
Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische Verfahren bestimmt.

Eigenschaften / technische Spezifikationen

• Panel: 335-Gen-Panel, ausgerichtet am Design des FoundationOne® CDx-Panels; misst SNVs, InDels, Rearrangements (RE) und CNAs sowie Signaturen MSI, TMB, gLOH und HRDsig.
• Probentyp: FFPE-Gewebe oder aus FFPE-Gewebe gewonnenes DNA.
• Reagenzien: REACH-konforme, xylolfreie Reagenzien; Packungsgröße für 24 Reaktionen.
• Sequenzierkompatibilität: Illumina NextSeq 500/550/550Dx (RUO-Modus): bis zu 12 Proben pro High-Output-Flowcell; Illumina NovaSeq 6000 (explorativ): bis zu 24 Proben in SP-Flowcell oder bis zu 48 in S1-Flowcell; unterstützt Multiplexing mit Nicht-CGP-Proben, sofern Barcodes nicht kollidieren.
• Workflow: Manueller Hybrid-Capture-basierter Workflow von der DNA-Extraktion bis zur Bibliotheksvorbereitung und Anreicherung.
• Datenanalyse: FoundationOne® Analysis Platform für Sekundäranalyse und AVENIO Connect für Datenmanagement; optimierte Kompatibilität mit navify® Mutation Profiler für tertiäre Analyse (optional).
• Durchlaufzeit: Bis zu 5 Tage von der DNA-Extraktion bis zur Ergebnisgenerierung (typischer Workflow und Sequenzier­bedingungen von Roche beschrieben).
• Analytische Hinweise: Leistungskennzahlen stammen aus einem Vergleich mit FoundationOne® CDx bei ~60 Millionen Reads pro Probe (Illumina NextSeq 550) mit definierten Cut-offs für Signaturen; Anwender sollten für ihre Forschungs­anwendung geeignete Cut-offs festlegen.