Reagenzkit / als Lösung KAPA HyperPETE

für ForschungszweckeDNA

Der KAPA HyperPETE-Workflow ist eine neuartige Hybrid-Capture-Technologie, die darauf ausgelegt ist, mithilfe von Primer-Extensions-Reaktionen Zielmoleküle aus der Bibliothek spezifisch einzufangen und für die Sequenzierung freizusetzen. Die KAPA HyperPETE-Katalog-Panels umfassen sofort verfügbare Panels mit festem Design für krebsübergreifende Varianten (mit einem MSI-Modul), onkologische Hotspots, erbliche Onkologie, Lungenkrebs-Fusionsvarianten und Neugeborenenscreening. Diese Panels mit festem Design basieren auf über einem Jahrzehnt Erfahrung im Sondendesign. Vorteile auf einen Blick Entwickelt, um wichtige genomische Informationen aus schwierigen Probentypen zu gewinnen Gewebe-RNA (FFPET) Erzielt eine hochspezifische Anreicherung aus einem breiten Spektrum an FFPET-RNA-Eingangsmenge (Abbildung 1) Erkennt alle in Referenzzelllinienproben vorhandenen Fusionen (Tabelle 1) Plasma-cfDNA Erzielt einen hohen Prozentsatz an On-Target-Reads und eine hohe Exon-Abdeckung (bei ≥1000X) für eine Bandbreite an cfDNA-Eingangsmenge (Abbildung 2) Erkennt Varianten mit hoher Sensitivität aus einer Bandbreite an cfDNA-Eingangsmenge im Plasma Leistung bei Verwendung von FFPE-RNA mit dem KAPA HyperPETE LC Fusion Panel. Das KAPA HyperPETE Lung Cancer Fusion Panel erzielte bei allen getesteten FFPE-Proben mit 10 ng und 50 ng einen Anteil von 92 % bis 97 % an On-Target-Reads. Die hohe Spezifität zeigte sich in dem hohen Prozentsatz an On-Target-Reads bei Ausgangsmengen von 10 ng oder 50 ng FFPE-RNA unterschiedlicher Qualität (niedrig, mittel, hoch). Die On-Target-Rate lag bei 92 % bis 97 % (einschließlich Housekeeping- und Fusions-Targets) und zeigte eine gute Leistung über alle Probenmengen, -qualitäten und -typen hinweg. Die On-Target-Rate wurde nach Entfernung der rRNA-Reads (0,8 % bis 11 % aller Reads) berechnet. Zur Bewertung der Leistung wurden zwei (2) Zelllinienproben (in Doppelbestimmungen) und vierzehn (14) normale angrenzende FFPET-Proben verwendet.